某县国税稽查局接群众举报，称某企业有逃避缴纳税款的行为。稽查局按规定立案后于2014年5月20日派两名稽查人员对该企业实施了检查，稽查人员在出示税务检查证后，对该企业的账簿及记账凭证进行了核查；同时经县国税局局长批准，对案件涉嫌人员的储蓄存款进行了查询。查实该企业2013年度采取少列收入等方式偷逃税款的事实。案件经审理后，县国税局稽查局于2014年6月28日作出了补税、加收滞纳金的税务处理决定和税务行政处罚决定。请问：税务机关在该案处理中有哪些不当之处，并说明理由。