2017年6月1日东方公司因订单量大幅增加，需扩大生产规模。与嘉美建筑有限公司(以下简称嘉美公司)签订《建设工程合同》。约定在2017年9月1日前建成厂房两间;厂房交付后10日内东方公司支付嘉美公司工程款200万元:嘉美公司每迟延交付1日，支付违约金2000元。2017年7月4日，东方公司发现正在修建的厂房墙体不直，存在安全隐患，后经调查又发现嘉美公司所派的建筑工人并不具备相关资质。东方公司遂与嘉美公司商议:拆除已建成部分，并由嘉美公司重新选派合格的工人继续该建设工程。嘉美公司表示接受，并提出工期需延长1个月，东方公司同意。嘉美公司于2017年10月1日交付两间厂房。经验收合格后东方公司支付了194万元工程款，并向嘉美公司说明所扣除的6万元为迟延交付的违约金。请问:东方公司扣除违约金的行为是否合法?为什么?法律依据为何?